Богатите с риба води, изобилието на диви гъски, диви патици и лиски, големи количества тръстика и папур са привличали хората по тези места от дълбока древност. По време на римската епоха на брега на езерото е съществувал укрепен пункт, наречен "Теголициум". Непосредствено след Освобождението "Сребърна" е било посетено от чужди пътешественици и авантюристи - ловци на бели чапли, Феникс Кани, Едуард Ходек, Огмар Райзеф, Лео Калбермаген. На Феликс Каниц принадлежи мисълта: "Сребърна е Елдорадо на блатните птици". В началото на нашия век езерото е било посетено от Алекси Петров, който е първия български естественик, обърнал внимание на голямото разнообразие от блатни птици тук. От 1918 г. до 1940 г., то се е намирало в румънска територия. След присъединяването на Южна Добруджа към територията на България езерото "Сребърна" е било посетено отново от Алекси Петров, по чиято инициатива езерото е било обявено за резерват през 1948 г.

До 1949 г. водите на Сребърна били чисти и прозрачни, гъмжащи от хищни щуки и огромни сомове. Много характерни били плаващите тръстикови острови, достигащи големи размери и наричани от местното население "кочки". Кочките се познати и в делтата на Дунав под името "плаури". Те никога не се заливат от водата, защото следват нейните в вертикални движения. Това свойство на кочките било "високо" оценено от пеликани, чайки, лопатари, лебеди и лиски. Те са ги предпочитали винаги при построяване на своите гнезда.

В периода 1949г. и до 1962 г. се изграждат диги и на северния бряг на река Дунав. През този период и до 1972 г. се изграждат 9 микроязовира във водосборния басейн на езерото "Сребърна" Изграждат се и помпени станции на карстови води от подземния водосборен басейн на езерото. До 1975 г. в езерото е допуснат улов на риба и косене на тръстика и папур за промишлени цели, което до известна степен е намаляло общата биомаса на екосистемата. След тази година всякаква човешка дейност в резерват "Сребърна" е забранена. През 1975 г. резерватът е обявен за влажна зона с международно значение по критерии на Рамсарската конвенция (Рамсарски обект). Две години по късно, през 1977 г., резерватът е включен в Световната мрежа на биосферните резервати, за което е получил специална диплома на ЮНЕСКО. През 1978 г. е отстранена част от дигата на южния бряг на река Дунав с дължина около 500 м, но високата кота на приливаемия бряг (около 13,30 м.) не позволява заливането на резерватните площи дори при високите пролетни води.

През 1983 г. поради големия брой на редки видове птици, гнездящи в резервата и главно заради постоянното гнездене на 10% от световната популация на къдроглав пеликан, резервата намира място в Листата на обекти от световно природно и културна наследство под егидата на ЮНЕСКО.

През 1992 г. отчитайки влошаващото се екологично състояние на резервата беше предложено от ЮНЕСКО, езерото "Сребърна да бъде включено в списъка на застрашените обекти за световно културно и природно наследство. По-късно "Сребърна" беше включена в списъка на обекти под заплаха според Рамсарската конвенция. Бяха разработена програма от МОС, насочени към възстановяване на екосистемата на езерото. През 1994 г. беше прокопан канал в източната част на резервата, проектиран за двупосочно действие. По трасето на канала са изградени два шлюза за регулиране на водите. Задвижена бе мониторингова процедура, която да следи за възстановяването на биоразнообразието в резервата. След като се възстанови връзката с река Дунав още през 1995 г. беше отчетено умножаването на колониите от видове птици, неоспоримо доказателство за започване на възстановяване на екосистемата. Така "Сребърна" се превърна в първата защитена територия у нас като институт на Министерството на околната среда и водите за съхраняване на биологичното разнообразие и устойчиво използване на неговите съставни части. Тези резултати бяха представени пред Бюрото на рамсарската конвенция през 1997 г., което послужи за основание да се вземе решение за изработване на нов план за управление на резервата. През 1998 г. бе чествана 50 - годишнината от обявяването на езерото "Сребърна" за обявяването му за резерват. В резултат на предприетите мерки и усилия от страна на Министерството на околната среда и водите, както и с помощта на международните организации, предоставили финансова помощ за осъществяване на различни проекти, насочени към подобряване на състоянието на екосистемите в ПР "Сребърна", резервата се възвръща към нормално, близко до естественото си състояние.